Doxygen 允許您在輸出中放入 ${\LaTeX}$ 公式（這僅適用於 HTML、 ${\LaTeX}$ 和 RTF 輸出）。為了能夠在 HTML 和 RTF 文件中包含公式（以圖像形式），您還需要安裝以下工具：

latex: ${\LaTeX}$ 編譯器，用於解析公式。為了測試，我使用了 teTeX 1.0 發行版。
dvips: 一個將 DVI 文件轉換為 PostScript 文件的工具。我為了測試使用了 Radical Eye software 的 5.92b 版本。
gs: GhostScript 解譯器，用於將 PostScript 文件轉換為點陣圖。我為了測試使用了 Aladdin GhostScript 8.0。

對於 HTML 輸出，還有一個使用 MathJax 的替代解決方案，不需要上述工具。如果您在設定中啟用 USE_MATHJAX，則 LaTeX 公式將「原樣」複製到 HTML 中，並且客戶端 JavaScript 將解析它們並將其轉換為（互動式）圖像。

在文件中包含公式有四種方式。

使用出現在文字中的行內公式。這些公式應該放在一對 \f$ 指令之間，所以
```
  The distance between \f$(x_1,y_1)\f$ and \f$(x_2,y_2)\f$ is 
  \f$\sqrt{(x_2-x_1)^2+(y_2-y_1)^2}\f$.
```
產生

和之間的距離是 $\sqrt{(x_2-x_1)^2+(y_2-y_1)^2}$ 。
使用出現在文字中的行內公式，與 \f$ 相反，它不會在 ${\LaTeX}$ 中明確開啟數學模式。這些公式應該放在 \f( 和 \f) 指令之間，所以
```
  The LaTeX and Tex logos are: \f(\LaTeX \f) and \f(\TeX \f).
```
產生

LaTeX 和 Tex 標誌是： ${\LaTeX}$ 和 ${\TeX}$ 。

未編號的顯示公式，這些公式在單獨的行中置中。這些公式應該放在 \f[ 和 \f] 指令之間。一個範例

  \f[
    |I_2|=\left| \int_{0}^T \psi(t) 
             \left\{ 
                u(a,t)-
                \int_{\gamma(t)}^a 
                \frac{d\theta}{k(\theta,t)}
                \int_{a}^\theta c(\xi)u_t(\xi,t)\,d\xi
             \right\} dt
          \right|
  \f]

產生

$|I_2|=\left| \int_{0}^T \psi(t) \left\{ u(a,t)- \int_{\gamma(t)}^a \frac{d\theta}{k(\theta,t)} \int_{a}^\theta c(\xi)u_t(\xi,t)\,d\xi \right\} dt \right|$

可以使用 \f{environment} 指定不在數學環境中的公式或其他 latex 元素，其中 environment 是 ${\LaTeX}$ 環境的名稱，對應的結束指令是 \f}。以下是一個方程式陣列的範例

   \f{eqnarray*}{
        g &=& \frac{Gm_2}{r^2} \\ 
          &=& \frac{(6.673 \times 10^{-11}\,\mbox{m}^3\,\mbox{kg}^{-1}\,
              \mbox{s}^{-2})(5.9736 \times 10^{24}\,\mbox{kg})}{(6371.01\,\mbox{km})^2} \\ 
          &=& 9.82066032\,\mbox{m/s}^2
   \f}

產生

$\begin{eqnarray*} g &=& \frac{Gm_2}{r^2} \\ &=& \frac{(6.673 \times 10^{-11}\,\mbox{m}^3\,\mbox{kg}^{-1}\, \mbox{s}^{-2})(5.9736 \times 10^{24}\,\mbox{kg})}{(6371.01\,\mbox{km})^2} \\ &=& 9.82066032\,\mbox{m/s}^2 \end{eqnarray*}$

對於第一個和第三個指令，應確保公式在 ${\LaTeX}$ 的數學模式中包含有效的指令。第二個指令應該是有效文字模式指令，在使用 USE_MATHJAX 時也可以在數學模式下運作。對於第四個指令，該節應包含特定環境的有效指令。

警告: 目前，Doxygen 在從公式中的錯字中恢復時，容錯能力並不是很好。可能需要刪除寫入到 html、rtf 等目錄的 formula.repository 檔案，以擺脫不正確的公式以及 form_* 檔案。

為了能夠定義自己的 ${\LaTeX}$ 指令，例如公式建構塊或一致地寫入某些單字，可以使用設定選項 FORMULA_MACROFILE 來提供一個包含 ${\LaTeX}$ 指令的檔案。該檔案可以包含 ${\LaTeX}$ \newcommand 和 \renewcommand 指令，並且它們包含在公式（圖像版本和 MathJax 版本）以及產生的 ${\LaTeX}$ 輸出中（用於產生 PDF）。
\newcommand（和 \renewcommand）僅限於沒有可選參數的版本，因此僅支援以下類型

\newcommand{\cmd}{replacement}

\newcommand{\cmd}[nr]{replacement}

例如：

\newcommand{\E}{\mathrm{E}}

\newcommand{\ccSum}[3]{\sum_{#1}^{#2}{#3}}

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