Doxygen 支援兩種將表格放入文件中的方法。

最簡單的方法是使用 Markdown 格式，如Markdown 擴充章節中的表格所示。

雖然此格式易於使用和閱讀，但其功能也相當有限。它僅支援簡單的單元格網格，而每個單元格都是單行的純文字。

對於更複雜的表格，可以使用 HTML 語法。 Doxygen 將處理這些表格，並將它們轉換為各種輸出格式（至少對於支援表格的格式，例如 HTML 和 ${\LaTeX}$ ）。

請注意，一個表格至少應包含 1 行（<tr>），並且如果使用了 <caption>，則 <caption> 應位於第一行之前。

這是一個複雜表格的範例

<table>
<caption id="multi_row">Complex table</caption>
<tr><th>Column 1                      <th>Column 2        <th>Column 3
<tr><td rowspan="2">cell row=1+2,col=1<td>cell row=1,col=2<td>cell row=1,col=3
<tr><td rowspan="2">cell row=2+3,col=2                    <td>cell row=2,col=3
<tr><td>cell row=3,col=1                                  <td rowspan="2">cell row=3+4,col=3
<tr><td colspan="2">cell row=4,col=1+2
<tr><td>cell row=5,col=1              <td colspan="2">cell row=5,col=2+3
<tr><td colspan="2" rowspan="2">cell row=6+7,col=1+2      <td>cell row=6,col=3
<tr>                                                      <td>cell row=7,col=3
<tr><td>cell row=8,col=1              <td>cell row=8,col=2\n
  <table>
    <tr><td>Inner cell row=1,col=1<td>Inner cell row=1,col=2
    <tr><td>Inner cell row=2,col=1<td>Inner cell row=2,col=2
  </table>
  <td>cell row=8,col=3
  <ul>
    <li>Item 1
    <li>Item 2
  </ul>
</table>

它具有標題、表格標頭、各種行和列跨度、一個巢狀表格作為其中一個單元格，以及另一個單元格中的項目列表。

請注意，上述範例中省略了結束標籤（例如 </td>）。這是允許的，並且在 HTML 輸出中，Doxygen 會再次添加結束標籤。

輸出結果如下

複雜表格

欄 1

欄 2

欄 3

單元格 row=1+2,col=1

單元格 row=1,col=2

單元格 row=1,col=3

單元格 row=2+3,col=2

單元格 row=2,col=3

單元格 row=3,col=1

單元格 row=3+4,col=3

單元格 row=4,col=1+2

單元格 row=5,col=1

單元格 row=5,col=2+3

單元格 row=6+7,col=1+2

單元格 row=6,col=3

單元格 row=7,col=3

單元格 row=8,col=1

單元格 row=8,col=2

內部單元格 row=1,col=1	內部單元格 row=1,col=2
內部單元格 row=2,col=1	內部單元格 row=2,col=2

單元格 row=8,col=3

項目 1
項目 2

可以使用 \ref 命令並使用標題的 ID 作為標籤來引用表格的標題。

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