用作 Doxygen 輸入的原始碼檔案，可由 Doxygen 內建的 C 預處理器進行解析。
預設情況下，Doxygen 只會執行部分預處理。也就是說，它會評估條件編譯語句（如 #if）並評估巨集定義，但不會執行巨集展開。
因此，如果您有以下程式碼片段
#define VERSION 200 #define CONST_STRING const char * #if VERSION >= 200 static CONST_STRING version = "2.xx"; #else static CONST_STRING version = "1.xx"; #endif
那麼預設情況下，Doxygen 會將以下內容饋送到其解析器
#define VERSION #define CONST_STRING static CONST_STRING version = "2.xx";
您可以在設定檔中將 ENABLE_PREPROCESSING 設定為 NO，以停用所有預處理。在上述情況下，Doxygen 會讀取這兩個陳述式，即
static CONST_STRING version = "2.xx"; static CONST_STRING version = "1.xx";
如果您想要展開 CONST_STRING 巨集，您應該在設定檔中將 MACRO_EXPANSION 標籤設定為 YES。然後，預處理後的結果會變成
#define VERSION #define CONST_STRING static const char * version = "2.xx";
請注意，Doxygen 現在會展開所有巨集定義（如果需要，會遞迴展開）。這通常太多了。因此，Doxygen 也允許您僅展開那些您明確指定的定義。為此，您必須將 EXPAND_ONLY_PREDEF 標籤設定為 YES，並在 PREDEFINED 或 EXPAND_AS_DEFINED 標籤後指定巨集定義。
一個典型的範例是，當處理 Microsoft 的語言擴充功能 __declspec 時，需要預處理器的一些協助。GNU 的 __attribute__ 擴充功能也是如此。以下是一個範例函式。
extern "C" void __declspec(dllexport) ErrorMsg( String aMessage,...);
當沒有執行任何操作時，Doxygen 會感到困惑，並將 __declspec 視為某種函式。為了協助 Doxygen，通常會使用以下預處理器設定
ENABLE_PREPROCESSING = YES MACRO_EXPANSION = YES EXPAND_ONLY_PREDEF = YES PREDEFINED = __declspec(x)=
這會確保在 Doxygen 解析原始碼之前移除 __declspec(dllexport)。
類似的設定可用於從輸入中移除 __attribute__ 表達式
ENABLE_PREPROCESSING = YES MACRO_EXPANSION = YES EXPAND_ONLY_PREDEF = YES PREDEFINED = __attribute__(x)=
對於一個更複雜的範例，假設您有一個名為 IUnknown 的抽象基底類別的以下混淆程式碼片段：
/*! A reference to an IID */
#ifdef __cplusplus
#define REFIID const IID &
#else
#define REFIID const IID *
#endif
/*! The IUnknown interface */
DECLARE_INTERFACE(IUnknown)
{
STDMETHOD(HRESULT,QueryInterface) (THIS_ REFIID iid, void **ppv) PURE;
STDMETHOD(ULONG,AddRef) (THIS) PURE;
STDMETHOD(ULONG,Release) (THIS) PURE;
};
在沒有巨集展開的情況下，Doxygen 會感到困惑，但我們可能不想展開 REFIID 巨集，因為它已記錄，並且讀取文件的使用者在實作介面時應使用它。
透過在設定檔中設定以下內容
ENABLE_PREPROCESSING = YES
MACRO_EXPANSION = YES
EXPAND_ONLY_PREDEF = YES
PREDEFINED = "DECLARE_INTERFACE(name)=class name" \
"STDMETHOD(result,name)=virtual result name" \
"PURE= = 0" \
THIS_= \
THIS= \
__cplusplus
我們可以確保將正確的結果饋送到 Doxygen 的解析器
/*! A reference to an IID */
#define REFIID
/*! The IUnknown interface */
class IUnknown
{
virtual HRESULT QueryInterface ( REFIID iid, void **ppv) = 0;
virtual ULONG AddRef () = 0;
virtual ULONG Release () = 0;
};
請注意，PREDEFINED 標籤接受函式般的巨集定義（如 DECLARE_INTERFACE）、一般巨集取代（如 PURE 和 THIS）以及純定義（如 __cplusplus）。
另請注意，預處理器通常會自動定義的預處理器定義（如 __cplusplus），必須由 Doxygen 的解析器手動定義（這樣做的原因是這些定義通常是平台/編譯器特定的）。
在某些情況下，您可能想要將巨集名稱或函式替換為其他內容，而不會將結果暴露給進一步的巨集取代。您可以使用 := 運算子而不是 = 來執行此操作
例如，假設我們有以下程式碼片段
#define QList QListT
class QListT
{
};
那麼，要讓 Doxygen 將其解釋為類別 QList 的類別定義，唯一的方法是定義
PREDEFINED = QListT:=QList
以下是 Valter Minute 和 Reyes Ponce 提供的一個範例，可協助 Doxygen 瀏覽 Microsoft ATL & MFC 程式庫中的樣板程式碼
PREDEFINED = "DECLARE_INTERFACE(name)=class name" \
"STDMETHOD(result,name)=virtual result name" \
"PURE= = 0" \
THIS_= \
THIS= \
DECLARE_REGISTRY_RESOURCEID=// \
DECLARE_PROTECT_FINAL_CONSTRUCT=// \
"DECLARE_AGGREGATABLE(Class)= " \
"DECLARE_REGISTRY_RESOURCEID(Id)= " \
DECLARE_MESSAGE_MAP= \
BEGIN_MESSAGE_MAP=/* \
END_MESSAGE_MAP=*/// \
BEGIN_COM_MAP=/* \
END_COM_MAP=*/// \
BEGIN_PROP_MAP=/* \
END_PROP_MAP=*/// \
BEGIN_MSG_MAP=/* \
END_MSG_MAP=*/// \
BEGIN_PROPERTY_MAP=/* \
END_PROPERTY_MAP=*/// \
BEGIN_OBJECT_MAP=/* \
END_OBJECT_MAP()=*/// \
DECLARE_VIEW_STATUS=// \
"STDMETHOD(a)=HRESULT a" \
"ATL_NO_VTABLE= " \
"__declspec(a)= " \
BEGIN_CONNECTION_POINT_MAP=/* \
END_CONNECTION_POINT_MAP=*/// \
"DECLARE_DYNAMIC(class)= " \
"IMPLEMENT_DYNAMIC(class1, class2)= " \
"DECLARE_DYNCREATE(class)= " \
"IMPLEMENT_DYNCREATE(class1, class2)= " \
"IMPLEMENT_SERIAL(class1, class2, class3)= " \
"DECLARE_MESSAGE_MAP()= " \
TRY=try \
"CATCH_ALL(e)= catch(...)" \
END_CATCH_ALL= \
"THROW_LAST()= throw"\
"RUNTIME_CLASS(class)=class" \
"MAKEINTRESOURCE(nId)=nId" \
"IMPLEMENT_REGISTER(v, w, x, y, z)= " \
"ASSERT(x)=assert(x)" \
"ASSERT_VALID(x)=assert(x)" \
"TRACE0(x)=printf(x)" \
"OS_ERR(A,B)={ #A, B }" \
__cplusplus \
"DECLARE_OLECREATE(class)= " \
"BEGIN_DISPATCH_MAP(class1, class2)= " \
"BEGIN_INTERFACE_MAP(class1, class2)= " \
"INTERFACE_PART(class, id, name)= " \
"END_INTERFACE_MAP()=" \
"DISP_FUNCTION(class, name, function, result, id)=" \
"END_DISPATCH_MAP()=" \
"IMPLEMENT_OLECREATE2(class, name, id1, id2, id3, id4,\
id5, id6, id7, id8, id9, id10, id11)="
如您所見，Doxygen 的預處理器非常強大，但如果您想要更大的彈性，您可以隨時編寫輸入篩選器，並在 INPUT_FILTER 標籤或 FILTER_PATTERNS 標籤（或 FILTER_SOURCE_PATTERNS 標籤）後指定它。
如果您不確定篩選器的效果會如何，您可以按如下方式執行 Doxygen：doxygen -d filteroutput。
如果您不確定 Doxygen 的預處理效果會如何，您可以按如下方式執行 Doxygen
doxygen -d Preprocessor
或者在不需要行號時
doxygen -d Preprocessor -d NoLineno
這會指示 Doxygen 在完成預處理後將輸入來源傾印到標準輸出（提示：在設定檔中設定 QUIET = YES 和 WARNINGS = NO 以停用任何其他輸出）。
請注意，並非所有語言都會執行預處理。預處理適用於使用「C」掃描器（「java」、「d」和「php」除外）的檔案、Fortran 檔案（僅在副檔名包含至少一個大寫字元的情況下）和 vhdl 檔案。
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