以下輸出格式由 Doxygen 直接支援

HTML

如果設定檔中的 GENERATE_HTML 設定為 YES，則會產生。

${\LaTeX}$

如果設定檔中的 GENERATE_LATEX 設定為 YES，則會產生。

Man 頁面

如果設定檔中的 GENERATE_MAN 設定為 YES，則會產生。

RTF

如果設定檔中的 GENERATE_RTF 設定為 YES，則會產生。

請注意，RTF 輸出可能僅在 Microsoft Word 中看起來不錯。如果您在其他程式中成功使用，請告知我。

XML

如果設定檔中的 GENERATE_XML 設定為 YES，則會產生。

DocBook

如果設定檔中的 GENERATE_DOCBOOK 設定為 YES，則會產生。

以下輸出格式由 Doxygen 間接支援

已編譯的 HTML 說明（又稱 Windows 98 說明）: 如果 GENERATE_HTMLHELP 設定為 YES，則會由 Microsoft 的 HTML Help Workshop 從 HTML 輸出產生。
Qt 壓縮說明 (.qch): 如果 GENERATE_QHP 設定為 YES，則會由 Qt 的 qhelpgenerator 工具從 HTML 輸出產生。
Eclipse 說明: 當 GENERATE_ECLIPSEHELP 設定為 YES 時，會從 HTML 產生，並帶有一個特殊的索引檔案。
XCode DocSets: 當 GENERATE_DOCSET 設定為 YES 時，會從 HTML 編譯，並帶有一個特殊的索引檔案。
PostScript: 透過在輸出目錄中執行 make ps，從 ${\LaTeX}$ 輸出產生。為了獲得最佳結果，PDF_HYPERLINKS 應設定為 NO。
PDF: 透過在輸出目錄中執行 make pdf，從 ${\LaTeX}$ 輸出產生。為了改善 PDF 輸出，您通常會希望透過在設定檔中將 USE_PDFLATEX 設定為 YES 來啟用 pdflatex 的使用。為了在 PDF 檔案中取得超連結，您還需要啟用 PDF_HYPERLINKS。

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